本所展示魚類的館區有漁業文物生態展示館、生物教室、戶外教學區。漁業文物生態展示館展示的魚類都是淡水魚類，主要是本所所收集分佈於台灣或花東地區的原生及特有種魚類，還有淡水螃蟹及烏龜，有原生魚類、食用魚類、觀賞魚及小魚苗。本所所飼養。